問答題

【簡答題】試述PSI-BLAST搜索的5個步驟。

答案：[1]選擇待查序列（query）和蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫；
[2]PSI-BLAST構(gòu)建一個多序列比對，然后創(chuàng)建一個序列...

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問答題
【簡答題】TrEMBL哪兩個部分？
答案：（1）SP-TrEMBL（SWISS-PROTTrEMBL）
包含最終將要集成到SWISS-PROT的數(shù)據(jù)，所...
問答題
【簡答題】試述SWISS-PROT中的數(shù)據(jù)來源。
答案：（1）從核酸數(shù)據(jù)庫經(jīng)過翻譯推導(dǎo)而來；
（2）從蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫PIR挑選出合適的數(shù)據(jù)；
（3）從科學(xué)...
問答題
【簡答題】試述SCOP蛋白質(zhì)分類方案
答案：SCOP將PDB數(shù)據(jù)庫中的蛋白質(zhì)按傳統(tǒng)分類方法分成α型、β型、α/β型、α+β型，并將多結(jié)構(gòu)域蛋白、膜蛋白和細胞表面蛋白...
問答題
【簡答題】如何用BLAST發(fā)現(xiàn)新基因？
答案：從一個一直蛋白質(zhì)序列開始，通過tBLASTn工具搜索一個DNA數(shù)據(jù)庫，可以找到相應(yīng)的匹配，如與DNA編碼的已知蛋白質(zhì)的匹...
問答題
【簡答題】在MEGA2軟件中，提供了哪些堿基替換距離模型，試列舉其中3種，解釋其含義。
答案：堿基替換模型包括，No.ofdifferences、p-distance、Jukes-Cantordistance、Ta...
問答題
【簡答題】UPGMA構(gòu)樹法不精確的原因是什么？
答案：由個于UPGMA假設(shè)在進化過程中所有核苷酸/氨基酸都有相同的變異率，也就是存在著一個分子鐘；這種算法當(dāng)所構(gòu)建的進化樹的序...
問答題
【簡答題】簡述最大似然法（ML）的算法思想。
答案：是一種基于離散特征的進化樹算法。該法首先選擇一個合適的進化模型，然后對所有可能的進化樹進行評估，通過對每個進化位點的替代...
問答題
【簡答題】簡述最大簡約法（MP）的算法思想。
答案：是一種基于離散特征的進化樹算法。生物演化應(yīng)該遵循簡約性原則，所需變異次數(shù)最少（演化步數(shù)最少）的演化樹可能為最符合自然情況...
問答題
【簡答題】簡述鄰接法（NJ）構(gòu)樹的算法思想。
答案：鄰接法的思想不僅僅計算最小兩兩比對距離，還對整個樹的長度進行最小化，從而對樹的拓撲結(jié)構(gòu)進行限制。這種算法由一棵星狀樹開始...
問答題
【簡答題】簡述除權(quán)配對法（UPGMA）的算法思想。
答案：通過兩兩比對聚類的方法進行，在開始時，每個序列分為一類，分別作為一個樹枝的生長點，然后將最近的兩序列合并，從而定義出一個...

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