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北京市某軟件企業(yè)為增值稅一般納稅人，主營某軟件的開發(fā)和銷售。2015年3月進項稅額合計75萬元。當月銷售收入如下：
（1）當月銷售軟件收入共計3555萬元；
（2）為滿足客戶升級需要，將進口軟件產(chǎn)品進行本地化改造后銷售，取得收入50萬元；
（3）對老客戶收取2014年的維護費用70萬元。
（4）銷售嵌入式軟件，取得銷售收入共計500萬元，其中硬件設備銷售額200萬元。
（5）全部的進項稅75萬中，5萬元是購入生產(chǎn)硬件設備的材料所負擔的增值稅。企業(yè)的上述進項稅額計劃當月認證，當月抵扣。在認證中發(fā)現(xiàn)，其中一張發(fā)票為供貨方找他人代開的專用發(fā)票（虛開增值稅專用發(fā)票），軟件企業(yè)與該供貨方交易合法真實，且軟件企業(yè)并不知其取得的專用發(fā)票為供貨方虛開專用發(fā)票，經(jīng)查該發(fā)票是企業(yè)為生產(chǎn)軟件產(chǎn)品而購入材料所取得的。
要求：假設上述收入均為不含稅收入，且企業(yè)選擇享受相關即征即退稅收優(yōu)惠，請逐項回復下列問題：
（1）計算業(yè)務1應繳納的增值稅銷項稅。
（2）計算業(yè)務2應繳納的增值稅銷項稅。
（3）計算業(yè)務3應繳納的增值稅銷項稅。
（4）軟件企業(yè)善意取得該專用發(fā)票應如何處理。
（5）假設，最終軟件企業(yè)和供貨方協(xié)商，當月又取得對方補開的合法專用發(fā)票并認證通過，2015年3月，軟件企業(yè)當月實際繳納的增值稅稅額。

2015年1月，稅務師受托對某生產(chǎn)企業(yè)（增值稅一般納稅人）2014年業(yè)務審核時，發(fā)現(xiàn)以下業(yè)務，可能存在問題：
（1）銷售給A公司一批貨物，貨款金額351萬元，工廠成本220萬元，貨已發(fā)出，成本已結轉(zhuǎn)，貨款匯入“其他應付款”賬戶；
（2）該生產(chǎn)企業(yè)某產(chǎn)品按規(guī)定售價上浮10%，價款合計為35.1萬元列入“其他業(yè)務收入”賬戶，成本已經(jīng)結轉(zhuǎn)，未繳納相關稅費；
（3）該生產(chǎn)企業(yè)因管理不善發(fā)生盜竊案，損失庫存的一批外購原材料的成本為8000元，保險公司賠償損失5000元，差價列入“管理費用”賬戶，該企業(yè)已進行年終結賬。
提示：不考慮城建稅和教育費附加。要求：根據(jù)以上資料，分析該企業(yè)存在問題并補繳增值稅、所得稅，作出相應會計處理。