問答題某食品公司與某農(nóng)業(yè)技術(shù)研究院共同設立從事食品生產(chǎn)的有限責任公司，甲公司。協(xié)議內(nèi)容為： （1）公司注冊資本為1000萬元，食品公司以貨幣出資，金額200萬元，另外以某食品商標作價300萬元，研究所新型食品加工專利技術(shù)出資，該技術(shù)作價500萬元（有評估機構(gòu)出具的評估證明）。 （2）公司董事會由5名董事組成，分別由雙方按出資比例選派。董事長由食品公司推薦，公司的經(jīng)理、財務負責人由董事長直接任命。 （3）雙方按5：5的出資比例分享利潤、支付設立費用，分擔風險。甲公司于2005年4月登記成立，并指派丁某作公司董事長。丁某聘任汪某作為公司經(jīng)理。食品公司方面的某一董事王某稱，有證據(jù)證明丁某原是研究所下屬公司的承包人，承包期因貪污行為曾受到刑事處罰，1993年3月刑滿釋放，且于1年前向朋友借錢5萬元炒股，被套牢，借款仍未還清。另外汪某原先擔任某公司的經(jīng)理，由于管理水平低下，致使該公司經(jīng)營困難，該公司于2004年3月宣告破產(chǎn)。據(jù)上述兩個理由，董事A認為丁某無權(quán)作董事長，汪某無權(quán)擔任公司經(jīng)理。 （4）食品公司方面另一些董事懷疑公司賬目有假，有3人退出董事會，其中一名董事B提出，現(xiàn)董事會成員已不足公司章程所定人數(shù)的2/3，應依法召開臨時股東會，更換公司領導。 根據(jù)上述事實及有關(guān)規(guī)定，分別回答下列問題：食品公司與研究所的協(xié)議中，有關(guān)出資方式、比例及董事長的產(chǎn)生方式是否合法？請說明理由。