A.過長的轉(zhuǎn)錄物往往不能形成理想的二級(jí)結(jié)構(gòu)，從而大大降低外源基因編碼產(chǎn)物的翻譯效率。
B.往往會(huì)產(chǎn)生大量無用的蛋白質(zhì)，增加工程菌無謂的能量消耗。
C.如果外源基因下游緊接有載體上的其它重要基因或DNA功能區(qū)域，則RNA聚合酶在此處的轉(zhuǎn)錄可能干擾質(zhì)粒的復(fù)制及其它生物功能，甚至導(dǎo)致重組質(zhì)粒的不穩(wěn)定性。
D.轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物越長，RNA聚合酶轉(zhuǎn)錄一分子mRNA所需的時(shí)間就相應(yīng)增加，外源基因的轉(zhuǎn)錄效率下降。