基因工程藥物的生產是一項十分復雜的系統工程，其基本過程可分為上游階段和下游階段。

三磷酸腺苷（（ATP）可以用于治療心肌梗死、進行性肌萎縮、腦溢血后遺癥、心功能不全、心肌疾患及肝炎的治療。

生物活性物質可來源于動物的胰臟、腦、心臟、肝臟、小腸、胃粘膜等等。

降鈣素分子的極性較強，易溶于水和堿性溶液。

原料血漿的安全性更直接關系到血液制品的可靠及安全性，甚至是血液制品生產企業(yè)生死存亡的關鍵。

低溫乙醇法的最大優(yōu)點是適應工業(yè)化、自動化的生產要求。

生物材料和體液中雖普遍含有酶，但各種酶的含量卻非常少。

同一種生化物質的原料可來源于不同的生物體。

基因工程藥物生產的下游階段是從工程菌的規(guī)模化培養(yǎng)到產品的分離純化和質量控制的過程，是將實驗室的成果產業(yè)化、商品化。

基因工程制藥技術解決了藥品生產原料不足，生產成本高，產品安全性及種屬差異的問題。